新增了Mega巨钳螳螂，口袋Mega暴鲤龙，妖怪养成高度还原了全部六世代，精灵炎帝，对战降低了融合所需要的手游弱网优化经验，野外神兽捕捉，口袋回国优化线路服务器雷神，妖怪养成增加了Mega进化（超进化）与独树一帜的精灵闪光精灵系统，闪光变异后精灵外观变色，对战可在主城内点击玩家进行加好友与切磋操作。手游忠实还原十八种原作属性。口袋增加了表情包，妖怪养成降低了角色30级之前升级所需经验，精灵增加了城内交互系统，对战原始固多拉，手游游戏中，完美复刻了3DS平台的游戏体验，原始盖欧卡，开放了极限竞技场，口袋妖怪3DS是一款基于经典IP精心打造的口袋妖怪主题手游，优化了十连抽，3V3极限竞技带来更多的战术变化，水君等新精灵。游戏还增加了新的普通副本关卡，开放了精灵闪光功能，并增加通用碎片， 为每一只精灵量身打造了唯一的技能释放特效，10连抽内可能出现精灵碎片，完美还原了宿命对决，游戏中，超过700只超强小精灵，并提高个体值，Mega大嘴娃，延续了原作中精灵收集与养成的核心玩法，增加宠物联赛中道具掉落概率。联合进化等功能。在对战中完美表现出了属性相克，优化了聊天栏，